Sông Ngũ Huyện Khê đoạn chảy qua các làng nghề giấy trên địa bàn tỉnh Bắc Ninh hiện đang bị ô nhiễm nặng nề. Tình trạng này đã diễn ra từ nhiều năm nhưng vẫn chưa được xử lý triệt để.